グラム陰性桿菌は腸管、肛門、外陰部など下半身に多い傾向があるみたいよ。特に、常在部位では病原性を示さないが、体内の他の無菌部位に侵入して感染を起こす（迷入性感染症）。
腸内細菌科（通性嫌気性）
大腸菌属
| 主な疾患 | |
| 大腸菌（Escherichia coli） | 尿路感染症（膀胱炎・腎盂腎炎・急性前立腺炎）、胆道系感染症（急性胆管炎）、新生児の髄膜炎、高齢者の誤嚥性肺炎 |
サルモネラ属
| 主な疾患 | |
| チフス菌（Salmonella typhi）、 パラチフス菌（Salmonella paratyphi） |
腸チフス、パラチフス |
| 腸炎菌（Salmonella enteritidis）、 ネズミチフス菌（Salmonella typhimurium） |
非チフス性サルモネラ症（感染型食中毒） |
赤痢菌属
| 主な疾患 | |
| 赤痢菌（Shigella dysenteriae） | 細菌性赤痢 |
クレブシエラ属
| 主な疾患 | |
| 肺炎桿菌＝クレブシエラ（Klebsiella pneumoniae） | 市中肺炎、大酒家の肺炎、急性胆管炎 |
エルシニア属
エルシニア属は腸内細菌の一種で、4℃程度の低温でも発育可能という特徴がある。
| 主な疾患 | |
| ペスト菌（Yersinia pestis） ※北里 柴三郎が発見した菌 |
ペスト（菌を持つネズミを吸血したノミを介して感染、皮膚が黒くなる症状から黒死病と呼ばれた） |
| エルシニア・エンテロコリチカ＝腸炎エルシニア（Yersinia enterocolitica） | 急性虫垂炎様の腸炎 家畜の腸管内におり、食肉や井戸水から感染する |
| 偽結核菌（Yersinia pseudotuberculosis） | 川崎病類似の腸炎 |
ビブリオ科（通性嫌気性）
ビブリオ属
| 主な疾患 | |
| コレラ菌（Vibrio cholerae） | コレラ |
| 腸炎ビブリオ（Vibrio parahaemolyticus） | 感染性食中毒 |
パスツレラ科（通性嫌気性）
ヘモフィルス属
| 主な疾患 | |
| インフルエンザ菌（Haemophilus influenzae） | 市中肺炎（第２位）、中耳炎、副鼻腔炎、咽頭蓋炎、小児髄膜炎 |
| パラインフルエンザ菌（Haemophilus parainfluenzae） | |
| デュクレイ菌（Haemophilus ducreyi） | 軟性下疳（性感染症） |
シュードモナス科と類縁菌（好気性）
シュードモナス属
| 主な疾患 | |
| 緑膿菌＝シュードモナス（Pseudomonas aeruginosa） | 日和見感染 |
アルカリげネス科（Alcaligenaceae科）
ボルデテラ属
| 主な疾患 | |
| 百日咳菌（Bordetella pertussis） | 百日咳 |
ブルセラ科
| 主な疾患 | |
| ブルセラ菌（Brucella abortusなど） | ブルセラ症：人畜共通感染症 |
アシネトバクタ属
| 主な疾患 | |
| アシネトバクター（Acinetobacter） |
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