グラム陰性桿菌は腸管、肛門、外陰部など下半身に多い傾向があり。特に、常在部位では病原性を示さないが、体内の他の無菌部位に侵入して感染を起こす（迷入性感染症）。
腸内細菌群
PEK（抗生剤感受性が比較的良いグループ）
| プロテウス属 | 主な疾患 | 抗生剤 |
| プロテウス ・Proteus mirabilis ・Proteus vulgaris |
・尿路感染症 | アンチバイオグラム参照 |
| 大腸菌属 | ||
| 大腸菌 ・Escherichia coli |
・尿路感染症 ・胆道系感染症 ・新生児の髄膜炎 ・高齢者の誤嚥性肺炎 |
アンチバイオグラム参照 |
| クレブシエラ属 | ||
| 肺炎桿菌（クレブシエラ） ・Klebsiella pneumoniae 特徴：莢膜（＋） |
・市中肺炎 ・大酒家の肺炎 ・急性胆管炎 |
アンチバイオグラム参照 |
non-PEK（抗生剤感受性が比較的悪いグループ）
AmpC過剰産生菌
| エンテロバクター属 | 主な疾患 | 抗生剤 |
| エンテロバクター・クロアカ ・Enterobacter cloacae |
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| セラチア属 | ||
| セラチア・マルセッセンス ・Serratia marcescens |
・尿路感染症 ・市中肺炎 |
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| シトロバクター属 | ||
| シトロバクター・フロインディー ・Citrobacter freundii |
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| モルガネラ属 | ||
| モルガネラ・モルガニイ ・Morganella morganii |
ブドウ糖非発酵菌（偏性好気性菌）
酸素がないと生きていけない菌＝好気ボトルのみに発育
| シュードモナス属 | 主な疾患 | 抗生剤 |
| 緑膿菌（シュードモナス） ・Pseudomonas aeruginosa 特徴：バイオフィルム形成 |
・日和見感染 | PIPC/TAZ |
| アシネトバクタ属 | ||
| アシネトバクター ・Acinetobacter |
・日和見感染 | CFPM MEPM |
| ステノトロホモナス属 | ||
| マルトフィリア ・Stenotrophomonas maltophilia |
・MEPMが効かない菌（菌交代現象の結果として検出） | ST MINO LVFX |
偏性嫌気性菌
酸素があると生きられない菌＝嫌気ボトルのみに発育
βラクタマーゼ産生菌
横隔膜より下の嫌気性菌はβラクタマーゼ産生菌が多い。
| バクテロイデス属 | 主な疾患 | 抗生剤 |
| バクテロイデス ・Bacteroides fragilis |
・日和見感染 | ABPC/SBT PIPC/TAZ |
| プレボテラ属 | ||
| プレボテラ ・Prevotella buccae |
ABPC/SBT PIPC/TAZ |
|
| フソバクテリウム属 | ||
| フソバクテリウム ・Fusobacterium |
ABPC/SBT PIPC/TAZ |
その他のGNR
| ヘモフィルス属 | 主な疾患 | 抗生剤 |
| インフルエンザ菌 ・Haemophilus influenzae 特徴：球菌に近い形態 |
・市中肺炎 ・中耳炎 ・副鼻腔炎 ・急性喉頭蓋炎 ・小児髄膜炎 |
通常：ABPC ペニシリナーゼ産生：ABPC/SBT （CTRX、CTX、CTMも可） BLNAR：CTRX or CTX |
| パラインフルエンザ菌 ・Haemophilus parainfluenzae |
||
| デュクレイ菌 ・Haemophilus ducreyi |
・軟性下疳（性感染症） | |
まだ編集中
| サルモネラ属 | 主な疾患 |
| チフス菌（Salmonella typhi）、 パラチフス菌（Salmonella paratyphi） |
腸チフス、パラチフス |
| 腸炎菌（Salmonella enteritidis）、 ネズミチフス菌（Salmonella typhimurium） |
非チフス性サルモネラ症（感染型食中毒） |
| 赤痢菌属 | 主な疾患 |
| 赤痢菌（Shigella dysenteriae） | 細菌性赤痢 |
エルシニア属
エルシニア属は腸内細菌の一種で、4℃程度の低温でも発育可能という特徴がある。
| 主な疾患 | |
| ペスト菌（Yersinia pestis） ※北里 柴三郎が発見した菌 |
ペスト（菌を持つネズミを吸血したノミを介して感染、皮膚が黒くなる症状から黒死病と呼ばれた） |
| エルシニア・エンテロコリチカ＝腸炎エルシニア（Yersinia enterocolitica） | 急性虫垂炎様の腸炎 家畜の腸管内におり、食肉や井戸水から感染する |
| 偽結核菌（Yersinia pseudotuberculosis） | 川崎病類似の腸炎 |
ビブリオ科（通性嫌気性）
ビブリオ属
| 主な疾患 | |
| コレラ菌（Vibrio cholerae） | コレラ |
| 腸炎ビブリオ（Vibrio parahaemolyticus） | 感染性食中毒 |
アルカリゲネス科（Alcaligenaceae科）
ボルデテラ属
| 主な疾患 | |
| 百日咳菌（Bordetella pertussis） | 百日咳 |
ブルセラ科
| 主な疾患 | |
| ブルセラ菌（Brucella abortusなど） | ブルセラ症：人畜共通感染症 |
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