マイコバクテリウム属（抗酸菌）
通性細胞内寄生菌（自己増殖能はあるが、マクロファージなどの細胞内で増殖する←液性免疫で排除できない）。グラム染色で染まらないためチール・ニールセン染色を行う。
| 主な疾患 | ||
| 結核菌群 | 結核菌（Mycobacterium tuberculosis） | 結核 |
| ライ菌 | ライ菌（Mycobacterium leprae） | ハンセン病 |
| その他の 抗酸菌 |
非結核性抗酸菌（NTM） 結核菌とらい菌以外の抗酸菌 |
NTMの80％がMAC症、 残り20％がM .kansasii症 |
マイコプラズマ
| 主な疾患 | |
| マイコプラズマ（Mycoplasma pneumoniae） | マイコプラズマ肺炎 |
リッチケア（偏性細胞内寄生菌）
| 主な疾患 | |
| リケッチア（Rickettsia japonica、O.tsutsugamushi） | 日本紅斑熱、つつが虫病 |
クラミジア（偏性細胞内寄生菌）
| 主な疾患 | |
| オウム病クラミジア（Chlamydia psittaci） | オウム病（人畜共通感染症） |
| トラコーマクラミジア（Chlamydia trachomatis） | STD、封入体性結膜炎 |
| 肺炎クラミジア（Chlamydia pneumoniae） | クラミジア肺炎 |
レジオネラ科 （通性細胞内寄生菌）
| 主な疾患 | |
| レジオネラ菌（Legionella pneumophila） | レジオネラ肺炎 |
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